本中心的博物馆馆藏标本对专业和相关领域工作人员开放，除了经常性的研究访问，标本馆还经常接待国内省市、地方博物馆的参观学习。为了扩大学术影响、普及古生物学知识，满足大众对古生物化石的兴趣，两个研究所专门设有古生物博物馆，将馆藏精品对公众开放参观。其中，中国古动物馆（古脊椎所）被北京市人民政府命名为北京市青少年教育基地，被中国古生物学会授名为科普教育基地，还被授予了中央国家机关思想教育基地和全国青少年科技教育基地，是目前亚洲最大的古生物博物馆。南京古生物所1999年入选全国首批科普教育基地，2001年被确定为全国青少年先进科学世界科技活动示范基地。标本馆的科普园地以生动、易懂的文字和图片从地层和古生物是地球历史的见证者；生命起源、生物进化、灭绝和复苏；分子生物学在古生物学中的应用；地球的古气候、古环境和古地理；古生物地理区与大陆漂移和板块；古生物和地层与沉积矿床和地层古生物学为国民经济服务等七方面的科普知识解答了公众感兴趣的热门话题。为普及古生物学、古生态学、古人类学及进化论等自然科学知识作出了重大贡献。

土壤所开辟了科普窗口---土壤陈列标本及图片展览厅、土壤调查研究成果展览厅，开展以来，数以万计的青少年学生、各界人士、中外名人等参观了展览，国家科委、中国科学院和江苏省、南京市的领导以及港澳同胞和二十多个国家和地区的学者也曾前来参观，展室被选定为全国青少年走进科学世界科技活动示范基地，学校师生团体前来参观，对拓宽学生知识面、辅助教学起到良好作用。在江苏省每一年的科普宣传周活动中，展馆热情免费接待观众，积极宣传科学知识，自一九九七我所成为江苏省科委科普联席会议成员单位以来，连续八年被评为科普先进单位。